Trong thời Đệ nhất Cộng hòa, các thành viên gia đình họ Ngô nắm hết mọi thực quyền trong tay do đó chế độ của ông Diệm bị cho là chế độ gia đình trị.[27][28] Về phần mình, Ngô Đình Cẩn tuy không có vị trí chính thức trong chính phủ, nhưng nắm rất nhiều quyền lực tại Trung phần và được mệnh danh là "Lãnh chúa miền Trung".[29][5] Ông Cẩn sở hữu quyền lực gần như vô hạn trong vùng, cùng ông Diệm và ông Nhu nắm quyền sinh sát tại miền Nam[30] và thường can thiệp vào các chiến dịch đàn áp Việt Cộng đậm chất "phong kiến" của quân đội.[31] Bộ máy cai trị của ông Cẩn tại Huế khi đó được xem như một "triều đình thứ hai" sau Sài Gòn.[32] Robert Scigliano, một nhà báo và một học giả từ Nhóm Cố vấn Việt Nam của Đại học Bang Michigan (MSUG), nhận định rằng ông Cẩn cùng vợ chồng ông bà Nhu và ông Thục đã tạo thành "một tầng lớp tinh hoa đứng ngoài vòng pháp luật, cùng với [ông] Diệm quyết định vận mệnh của [đất nước] Việt Nam."[31] Tất cả bộ máy và sự hoạt động ở khu vực Trung phần đều nằm ngoài tầm kiểm soát của Sài Gòn và Cố vấn chính trị Ngô Đình Nhu, do đó ông Cẩn đôi khi phủ quyết các quan chức được chính phủ ở Sài Gòn bổ nhiệm về khu vực do ông quản lý.[33]

Ngô Đình Cẩn sở hữu trong tay quân đội, cảnh sát và mật vụ riêng. Nổi tiếng nhất trong số những lực lượng dưới trướng của Ngô Đình Cẩn là cơ quan tình báo, phản gián Đoàn Công tác Đặc biệt Miền Trung,[34] chuyên thực hiện các nhiệm vụ thu thập thông tin phục vụ cho công việc truy lùng, tiêu diệt Việt Cộng, nhưng đồng thời cũng bắt giam, thủ tiêu các đối thủ chính trị chống cộng khác.[35] Ngoài ra, ông Cẩn bị cáo buộc là đã tích lũy được khối tài sản lớn thông qua các hành vi tham nhũng, chẳng hạn như ăn hối lộ từ các doanh nhân, cho phép những người này nhận hợp đồng viện trợ nước ngoài từ chính phủ Hoa Kỳ của Dwight D. Eisenhower và John F. Kennedy. Ông yêu cầu giới doanh nhân phải trả một khoản phí cho Phong trào Cách mạng Quốc gia của Đảng Cần lao Nhân vị,[36] đổi lại họ sẽ được phê chuẩn giấy phép nhập khẩu và đơn xin nhận viện trợ nước ngoài. Ngoài việc giành được độc quyền buôn bán quế tại miền Nam, ông Cẩn được nhiều người cho là đã bán gạo ra miền Bắc thông qua thị trường chợ đen, cũng như tổ chức buôn lậu thuốc phiện khắp châu Á qua đường Lào.[31][37]

Ông thường xung đột với các anh của mình về các vấn đề nội bộ, đặc biệt là với ông Ngô Đình Nhu, cố vấn có ảnh hưởng nhất của ông Diệm,[38] người đồng thời đang kiểm soát de facto phần phía nam của đất nước. Giữa hai anh em thường xảy ra tranh chấp trong những vấn đề liên quan đến các gói viện trợ của Hoa Kỳ và việc buôn bán gạo, nhưng không can thiệp vào các vấn đề trong lãnh thổ thuộc thẩm quyền của người còn lại.[38] Ông Cẩn từng cho ông Diệm xem một danh sách dài những đối thủ chính trị bị mình bắt giam, mong muốn mở văn phòng cho cảnh sát mật của mình ở Sài Gòn. Tuy nhiên ông Cẩn không đồng ý để mật vụ của mình phải báo cáo lên ty cảnh sát thủ đô vì cho rằng hàng ngũ cảnh sát đã đầy rẫy cộng sản.[39] Ông cho xây dựng các trại tra tấn và cải tạo, đàn áp dã man những người bất đồng chính kiến.[37] So sánh với các anh trai, Scigliano nói rằng ông Cẩn "cũng được coi là thành viên nghiêm khắc nhất, mà một số người sẽ gọi là man rợ [nhất], trong gia đình, ông cai trị lãnh địa của mình bằng một bàn tay hà khắc, đôi khi tàn nhẫn."[31] Đề cập đến cách cai trị chuyên quyền của Ngô Đình Cẩn, một nhà phê bình người Việt Nam nói rằng, không giống như ông Diệm, ông Cẩn kiên định và khiến những thân cận không nghi ngờ gì về những gì ông muốn: "Họ không bối rối khi nói nước đôi về các lý tưởng và thể chế dân chủ."[40] Khác với hình ảnh "anh chàng nhà quê bất tài, chân đi guốc gỗ, miệng nhai trầu" được báo chí gây dựng, thiếu tướng tình báo Phạm Xuân Ẩn lại cho rằng "Ngô Đình Cẩn là một người rất tài giỏi, nếu anh em Diệm-Nhu nghe lời Cẩn thì chưa chắc chế độ Ngô Đình Diệm đã sụp đổ lúc đó."[41] Việc tạo ra một hệ thống có nhiều ưu đãi và răn đe được xác định một cách rõ ràng được xem là một lý do dẫn đến thành công của ông Cẩn.[40]